Durante la Seconda Guerra Mondiale la Loggia dei Mercanti, di proprietà della Camera di Commercio di Ancona, viene ceduta al Comune per essere usata come deposito di granaglie (figg. Loggia 01-02).

Considerato uno degli edifici monumentali più esposti ai danni di guerra, è oggetto di grande attenzione da parte della Soprintendenza per la Conservazione dei Monumenti delle Marche e del Ministero dell’Istruzione, come si desume dai vari documenti attestanti le disposizioni date per la sua protezione e i successivi sopralluoghi per il controllo del suo stato (figg. Loggia 03-04).

I documenti analizzati presso l’Archivio di Stato di Ancona testimoniano una fitta corrispondenza, dal 1915 al 1919, tra il Ministero della Pubblica Istruzione, la Soprintendenza per la Conservazione dei Monumenti delle Marche, la Camera di Commercio di Ancona, il Sindaco della città e il Prefetto della Provincia di Ancona riguardante lo stato conservativo della Loggia, il suo utilizzo e gli eventuali danni causati da esso.

Come già evidenziato, durante tale periodo, viene concessa al Comune per essere adibita a deposito per granaglie. Tale utilizzo comporta, per prima cosa, l’impossibilità di tutelare la facciata con coperture in sabbia e muratura, come avviene invece per altri monumenti. Già nel gennaio dal 1915 il Soprintendente Bocci si occupa della situazione della Loggia dei Mercanti, affermando che, a seguito di un’ispezione effettuata agli edifici della città, “io riteneva che si trattasse di una cosa momentanea nel più stretto senso della parola”. Richiede dunque al Presidente della Camera di Commercio di destinare la struttura ad un uso più consono eliminando i cereali lì depositati, dando aria ai locali per poi riaprirli al pubblico. A tal proposito cita e riporta l’articolo 51 della legge del 20 giugno 1909, n.364 sulle Antichità e Belle Arti  (figg. Loggia 05-06). La corrispondenza degli anni successivi mostra che la problematica legata all’uso della Loggia non viene mai meno: se infatti Bocci richiede in diverse occasioni di eliminare le granaglie dalla sala, spostandole in un’altra struttura di proprietà del Comune, quest’ultimo sottolinea l’impossibilità della cosa considerata l’assenza di altri locali da poter adibire a magazzino (figg. Loggia 07-12). Nello specifico Bocci evidenzia il forte rischio per il soffitto e le decorazioni del Tibaldi: “nei dipinti si andavano manifestando delle macchie bianche dovute al distacco della sottile superficie colorata, quando istituitosi questa Soprintendenza proposi dei lavori all’On. Ministero dell’Istruzione e alla Camera di Commercio allo scopo di prolungare il più possibile la vita di quella importante decorazione. La Camera di Commercio con atto veramente encomiabile provvide alla copertura ed alla stabilità del soffitto centinato, mentre questo ufficio con autorizzazione del Ministero suddetto si occupò di consolidare i dipinti per quanto fosse possibile ma più specialmente di colorire i vari frammenti. Nel mentre alla sala si doveva avere tutte le cure, tutti i riguardi inimmaginabili, come una persona gravemente ammalata è stata invece adibita senza alcun permesso di questo ufficio per uso magazzino di granaie in cui sinistri effetti si scorgono di giorno in giorno con la rinnovata caduta dell’intonaco colorato per cui il bianco si sostituisce di nuovo alle figure, alle decorazioni” (figg. Loggia 13-14). Sempre in riferimento ai danni causati dall’utilizzo della Loggia a magazzino, viene denunciata la presenza di carri che, passando, deturpano le decorazioni architettoniche della facciata (figg. Loggia 15-18). A tale scopo il Sindaco rassicura la Soprintendenza e il Prefetto “di aver provveduto ad eliminare l’accennato inconveniente, disponendo un servizio di vigilanza continuativo da parte delle guardie urbane, al fine di regolare il transito e la sosta dei carri stessi nei pressi della detta Loggia dei Mercanti” (figg. Loggia 19-22).

La corrispondenza, che prosegue anche negli anni successivi, documenta chiaramente l’interesse della Soprintendenza e del Ministero a difendere, tutelare e valorizzare uno degli edifici simbolo della città, lottando per la conservazione della sua struttura e delle opere in essa conservate e per un utilizzo consono alla sua natura monumentale (figg. Loggia 23-29).