La maggior parte del patrimonio artistico presente nel complesso delle Clarisse è conservato presso la chiesa di Santa Chiara. Giovanni Battista Valnegra e Giulio Quaglio furono le due principali maestranze che a partire dal 1699 riformarono e arricchirono l'edificio religioso così come lo possiamo ammirare oggi.

Nell'aula della chiesa sono presenti tre altari, un organo con la cantoria sopra la bussola in controfacciata, ed inoltre stucchi e affreschi nel fregio e sul soffitto.

Posti in posizione privilegiata, i tre altari che dominano l'aula della chiesa si caratterizzano per la loro composizione barocca e per la ricchezza dei suoi marmi policromi. Mentre l'altare maggiore è dedicato a Santa Chiara, San Francesco e San Giovanni Battista, raffigurati nella pala d'altare eseguita da Eugenio Pini e in parte da Giuseppe Cosattini, i due altari laterali costudiscono le spoglie di San Venanzio e Santa Felicita, a cui sono dedicati gli altari realizzati da Enrico Merengo.

L'organo fu costruito da Carlo de Boni nel 1671 e, insieme alla cantoria, fu collocato durante l'Ottocento in controfacciata al di sopra della porta d'ingresso.

Gli affreschi e gli stucchi che impreziosiscono la chiesa di Santa Chiara sono opera di Giulio Quaglio. Egli eseguì opere tutte dedicate alla Vergine riusendo a rinnovare nel migliori dei modi un edificio religioso risalente al XIII secolo. Ancora oggi si può ammirare il grandioso effetto scenografico che Giulio Quaglio creò all'interno della chiesa.