La nascita della Biblioteca Vallicelliana è strettamente collegata alla figura di Filippo Neri e alla Congregazione dell'Oratorio, istituita nel 1565 e riconosciuta ufficialmente da Gregorio XIII nel 1575 con la bolla Copiosus in misericordia. Gli oratoriani avevano una particolare attenzione per i libri: in base alla Regola i pasti dovevano essere infatti accompagnati dalla lettura e dalla discussione di un testo religioso. La prima raccolta libraria è costituita dalle opere possedute da Filippo Neri, passate nel patrimonio della Congregazione alla sua morte, nel 1595. La Biblioteca Vallicelliana è già documentata nel 1581 grazie al lascito testamentario di Achille Stazio (Aquiles Estaço) a favore di Filippo Neri e della Congregazione dell'Oratorio: 1700 volumi a stampa e 300 manoscritti. Ai primi due fondi si aggiungono successivamente altre donazioni quali l'Archivio e parte della Biblioteca di S. Giovanni in Venere (1585); la biblioteca del cardinale Silvio Antoniano, i libri di Pierre Morin e quelli dell'oratoriano Giovenale Ancina, vescovo di Saluzzo (1604); i manoscritti provenienti da S. Eutizio, grazie all'intervento dell'abate Giacomo Crescenzi, e la raccolta del padre Antonio Gallonio, primo biografo di Filippo Neri (1605).La fase di maggiore attività culturale della comunità oratoriana nel XVII secolo è legata alla pubblicazione degli Annales Ecclesiastici di Cesare Baronio, della Roma sotterranea di Antonio Bosio curata da padre Antonio Severano e alla diffusione dell'Oratorio musicale, forma d'intrattenimento spirituale prediletto da Filippo Neri che considerava la musica pescatrice di anime. Nel 1607, alla morte del cardinale Cesare Baronio, una parte della sua raccolta libraria viene ereditata dalla biblioteca della Congregazione; nel 1662 perviene il fondo di Virgilio Spada, costituito da una collezione di monete, minerali, maioliche e curiosità.