Commissionata da papa Clemente VII de’ Medici a Michelangelo Buonarroti, la Biblioteca venne ufficialmente inaugurata nel 1571. All’apertura custodiva circa 3.000 pezzi, tra libri manoscritti e a stampa, provenienti dalla biblioteca di casa Medici. Nei secoli XVIII e XIX un’oculata politica di acquisizioni tramite acquisti, scambi, doni e confische, ne ha permesso il notevole accrescimento.