Trae le sue origini dalla raccolta libraria che si costituì e si accrebbe in seno al Collegio dei Gesuiti fino alla soppressione dell’Ordine (1629-1773). Divenne una delle sei biblioteche degli Studi della monarchia asburgica (1822) e fu aperta al pubblico nel 1825, conservando fino al 1914 il nome e le funzioni di Biblioteca regionale del Litorale (Venezia Giulia). All’inizio della prima guerra mondiale, parte delle raccolte librarie fu messa in salvo a Graz, il resto, rimasto in sede, andò danneggiato o distrutto. Sotto l’Italia, quanto poté essere salvato fu trasportato a Firenze, presso la Laurenziana, ove rimase sino al 1919. In seguito, riparati i danni causati dalla guerra, l’Istituto tornò nella tranquillità di Palazzo Werdenberg. Nel 1941 la Biblioteca Provinciale si trasferì a Palazzo Attems, mentre la Biblioteca Civica (fondata nel 1888 dal Comune di Gorizia ed aperta al pubblico nel 1893) mantenne l’unione con la Statale.
La seconda guerra mondiale e le successive occupazioni militari tedesca, jugoslava ed angloamericana provocarono nuovi ingenti danni all’Istituto, che tuttavia ha saputo energicamente risollevarsi e adeguarsi alle mutate esigenze. Nel 1967 la Biblioteca ha assunto la denominazione di Statale Isontina.