L’istituzione di una biblioteca fornita di una “quantità bastante di libri di tutte le scienze”, e dotata di apposita regolamentazione, risale - prima in Italia - alla riforma degli studi universitari varata da Pedro Fernandez de Castro, conte di Lemos, viceré di Napoli dal 1610 al 1616, sul modello di Salamanca. Per la nuova sede dell’Ateneo viene incaricato l’architetto Giulio Cesare Fontana che avvia la ristrutturazione della vecchia cavallerizza fuori la porta di S. Maria di Costantinopoli: il Palazzo degli Studi, a lavori non ancora ultimati, viene inaugurato il 14 giugno 1615 con un variopinto corteo di dignitari e accademici.
Carlo di Borbone, una volta asceso al trono di Napoli, dietro la sollecitazione degli Eletti della Città, ordina la ripresa dei lavori del Palazzo degli Studi; le misure adottate negli anni seguenti mirano a restituire al complesso universitario decoro e funzionalità fino al suo definitivo trasferimento, nel 1777, all’interno del soppresso Collegio Massimo dei Gesuiti al Salvatore.
La soppressione degli ordini religiosi, decretata dal governo di Giuseppe Bonaparte e di Gioacchino Murat, con la relativa requisizione di tutti i beni culturali, pone le concrete premesse per l’attivazione di un centro librario fruibile da un’utenza di livello universitario.
Tra il 1808 e il 1810 il Prefetto della Biblioteca, il fisico e naturalista Giuseppe Antonio Ruffa, incamera i libri provenienti dai monasteri di S. Lorenzo, di S. Maria degli Angeli, di S. Pietro Martire, della Sanità, dei SS. Apostoli, di S. Brigida, di S. Domenico Maggiore. La restaurazione dei Borbone, nel 1815, segna il definitivo tramonto della Biblioteca Gioacchina e, al contrario, il rilancio di quella dei Regi Studi a cui viene destinato il grande salone al primo piano del Collegio al Salvatore e, inizialmente, tutto il patrimonio librario accumulato nella Gioacchina.
Nel 1819 un editto reale obbliga la Biblioteca degli Studi a consegnare alla Reale tutti i libri di maggior pregio bibliografico. Nel gennaio del 1827 la Biblioteca viene aperta al pubblico: l’avvenimento viene riportato dalla stampa ufficiale.
All’indomani dell’Unità, l’Universitaria entra nel novero delle governative di prima classe e alla carica di direttore si succedono famosi bibliotecari e studiosi. Restaurata dopo il terremoto del 1930 la Biblioteca subisce, nell’ultimo conflitto, seri danneggiamenti e la perdita di pregevoli cinquecentine, bodoniane e volumi del fondo Casanova ricoverate nel Convento dei Frati Minori di S. Francesco a Minturno. In seguito al terremoto del 1980 numerosi interventi di restauro e di consolidamento hanno consentito il potenziamento delle attrezzature e un notevole rinnovamento dei servizi e delle strutture. Ma i compiti istituzionali di tutela e di conservazione non esauriscono l’attività della Biblioteca che, profondamente radicata nel tessuto della città, eroga un servizio culturale attraverso la costante modernizzazione della sua organizzazione in grado di rispondere positivamente ad una domanda sempre più numerosa e diversificata.